La storia è ambientata 2 anni dopo gli avvenimenti di FF X.Yuna conduce una vita tranquilla a Besaid fino a quando Rikku le mostra una Sfera contenente immagini che sembrano raffigurare "lui"...così Yuna decide immediatamente di unirsi ai Gabbiani(gruppo di Cacciasfere cui appartiene Rikku)alla ricerca di altre sfere che riconducano a "lui".Infatti Yuna non ha ancora accettato emotivamente la scomparsa del suo amore...nel suo viaggio incontrerà tante vecchie conoscenza dell'X.La nuova Spira vede 3 grandi nuove organizzazioni.
