Soul Eater racconta le avventure di 3 ragazzi: Maka Albiani, Death The Kid e Black Star. Questi ragazzi studiano allo Shibusen, la scuola tecnica di shinigami, presente a Death City, dove essi vivono. I ragazzi, accompagnati dalle loro armi viventi (una specie di demoni mutaforma), devono collezionare 99 anime umane e 1 di strega per fare evolvere le loro armi in Death Scythe.